英語版インストールコンジットを使う。
掲示板に情報いただきました。
2chモバイル板の「Palm総合スレ for Mac User」というスレッドに書きこまれた情報とのこと。
「PalmDesktop4.0(J)のインストールコンジットを4.1(E)のコンジットに4.0(J)のリソースを入れ、リネームしたものと入れ替えると、ファイルのインストールの時になかなかHotSyncが終わらない不具合が解消されます。
MacOS上でCLIEのホットシンクをしたことがなかったので今まで気づかなかったのですが、日本語版PalmDesktop4.0には、Palm用ソフトをインストールするようにしてからホットシンクすると、それ以降何回でもインストールしてしまうバグがあるようです。毎回インストールするのでホットシンクのたびに余分な時間がかかります。
PalmDesktopのHotsycnメニューの「ハンドヘルドファイルのインストール」を開くと、インストールしたはずのソフトがまだインストール待ち状態で残っていることが確認できます。インストールした後はここから削除されてなければいけないんですが、完全なバグですね。
手動で削除しても良いのですが面倒です。マサトレさんのところに寄せられた情報を元に解決出来ましたので、手順をメモしておきます。ファイルのコピー程度の単純なものですが、失敗すると大変そうなので、試してみる場合は、間違えないように、なおかつ自己責任でお願います。